實驗室管理制度通常包括實驗室管理體系、組織結構、實驗室常見危害評估、實驗室管理制度體系文件、人員管理、實驗室設備管理、樣品控制、生物安全二級實驗室及實驗室內務管理九個部分。實驗室管理制度在建立實驗室初期必須有詳細的規劃，同時需要不斷完善它。

　　1.管理體系

　　建立方針和目標，并建立組織、程序、過程和資源實現既定的目標。確保每個生物醫學檢測和相關人員熟知安全防護知識，熟練掌握操作技能；確保防護設備和防護用品的供應；確保實驗室工作人員不受實驗對象侵染。

　　確保周圍環境不受致病微生物的污染；確保致病性病原微生物的樣品或菌（毒）種不會遺失或被偷竊。為實現目標，必須設立專門的機構，制訂完善的體系文件，按規定的要求做好各項防護措施，按既定的計劃實施各項管理、監督和檢查工作。

　　2.組織結構

　　成立生物安全委員會、設立日常管理辦公室、建立生物安全員隊伍。規定實驗室生物安全機構、管理組織和相關部門、相關成員的權力、義務和職責。規定領導部門、監管部門、執行部門、支持部門之間的關系。繪制組織結構框圖。有可靠的代理機制和溝通機制。

　　3.危害評估

　　生物安全操作的核心是危害評估。由實驗室最熟悉所要操作的微生物的特性、所使用的實驗和防護設備、實驗程序和政策的技術人員進行。評估應充分、及時、準確。應公告、制度化并能適時更新。

　　4.體系文件

　　體系文件由實驗室生物安全管理手冊、程序文件、安全手冊、生物危害性評估、SOP和表格等文件組成。管理手冊是對本單位實驗室生物安全管理總的原則性描述，包括生物安全所有要素。通常以國際標準ISO15189-2003為基礎，結合我國生物安全相關法律法規的要求制訂，適用于整個單位和領導層使用，是第一層次的文件。

　　程序文件通常指各方面具體的規章制度，為管理手冊的支持性文件，適用于單位內部各實驗室、各部門使用，為第二層次的文件。SOP為標準操作規程，也稱作業指導書，通常針對每項具體的活動、每個崗位、每臺設備，由每個從事實驗室活動的人員所使用，為第三層次的文件。表格為體系運行過程中技術和管理方面為記錄而設立的文件，可為運行提供證據，是第四層次的文件。

　　5.人員管理

　　應選派本單位實驗室生物安全管理和檢測人員到上級或相關部門參加專項培訓、專業進修等，實時舉辦全員培訓，讓所有相關人員深刻理解國家有關實驗室生物安全的法律法規、技術規范和行政規定，特別是本單位的實驗室生物安全管理體系文件。建立每位工作人員的健康檔案，及時針對工作對象采取相應的免疫或防護措施。

　　6.設備管理

　　設備管理的目的是保證設備的質量和運行中的可靠性。在采購時要追求質量，在安裝時要保持性能，在使用前應制訂操作SOP和維護計劃，在使用時要規范操作。建立管理檔案、使用標識、及時記錄和適時驗證。

　　BLS-2實驗室安全設備一般包括:Ⅱ級生物安全柜;高壓滅菌器;洗眼器。BSL-2實驗室應設置洗手池，但不能裝配手動式的水龍頭；生物安全儀器設備在運行前必須進行經過合格檢查并具有狀態標識；實驗室應具備一定的安全防護能力，必須配備閉門器；每個實驗室應有洗手池，洗手池宜設置在靠近實驗室內近門處；BSL-2實驗室內使用過的防化服不得穿出實驗室；按照GB19489-2008《實驗室生物安全通用要求》的要求，BSL-2實驗室應有洗眼器應急裝置。

　　7.樣品控制

　　樣品的整個流程從獲得開始直至消除的全過程應有控制措施和記錄（可以整批），每個流轉環節必要時應審批。未知病原微生物按生物安全二級防護進行操作。在包裝時應確保包裝材料的牢固性、密閉性和安全性。在運輸時要注意樣本的質量和防護，如果懷疑是高致病性生物材料時還要申請審批。

　　在交通工具、運輸人員、包裝方式等符合相關的規定。在傳播、接收、保藏和處置樣本時也應規范操作，特別是菌（毒）種管理要建立完善的管理制度，設立專門的保管人員、選擇合適的場所、使用專用的保藏設備和采取適當的防護措施來保證菌種的安全。

　　8.二級實驗室

　　生物安全二級實驗室是涉及病原微生物操作的最低條件。當操作人體材料時，只要可能含有病原微生物，原則上都應在生物安全二級實驗室中進行。實驗室為普通建筑物即可，但盡量設計在人員走動較少的地方或走廊的盲端。

　　布局應合理有序，人流、物流清晰，有足夠的空間，清潔區和污染區有一定的區分，嚴禁實驗區與辦公區混雜，建立實驗室準入門檻，張貼示標志、安裝自動閉門器，安裝牢固的門窗。每個實驗室應設洗手池，宜設置在進出口處。實驗室光線充足不晃眼、宜自然通風，但窗戶應使用紗窗。應設計控制昆蟲和嚙齒動物進入的屏障，保證下水道、門、窗及各種電器或設備管道的密閉性。

　　應做好個人防護，配置生物安全柜等防護設備和器械，要求實驗室就近有壓力蒸氣滅菌器。有可靠的電力供應和應急照明，制訂應急救治預案，裝備應急救治物品，實驗室的門設有可視窗，出口有發光指示標志，標明撤離路線，應配備適量的消防器材，設洗眼設施，必要時可安裝應急噴淋裝置，保證安全。

　　9.內務管理

　　實驗室對人員的準入依照不同生物安全防護等級分別進行限制。與實驗無關或妨礙實驗的物品或設備不放置在實驗室，實驗室內的人員數量或無關人員的出入予以限制，一切與實驗無關的行為或工作予以禁止。在實驗時應卸掉各種妨礙操作和帶來危險的佩戴物。

　　無論是否戴防化手套，只要接觸感染性材料或潛在的危險，應及時洗手，并使用感應等非手動的水龍頭。廢氣、廢物、廢水應滿足環保的要求，交由具備資質的專業機構處理。還要防止有害的生物體在滅活之前移出實驗室。廢棄物應分類存放，對銳器應有防護。可重復使用器械回收應滅菌、清潔，徹底去除污染病源微生物。